关于工资有缺勤的个税申报问题，需结合实际取得工资的情况确定申报方式。
工资有缺勤时，应按照实际取得的缺勤后工资收入申报个税。
1. 若存在单位已实际发放缺勤后工资的情况：需以实际到账的工资金额（扣除缺勤扣款后的实发数）作为申报基数，由单位在代扣代缴时按该金额计算个税。
2. 若存在单位因缺勤暂未发放工资的情况：待实际收到缺勤后的工资时，再以实际取得的金额申报个税，未发放期间无需提前申报。
3. 若存在单位仅计提缺勤工资但未实际支付的情况：因未实际取得收入，当期无需申报，待实际发放时再进行个税申报。
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工资有缺勤时申报个税，可能存在以下法律风险点：
1. 申报金额与实际不符的风险：例如，单位按应发工资（未扣除缺勤）申报个税，而员工实际只收到扣除缺勤后的工资，会导致员工多缴个税，若未及时调整，可能造成经济损失。
2. 未及时申报的风险：若单位发放缺勤工资后未按时代扣代缴个税，或员工自行申报时遗漏缺勤工资的申报，可能面临税务机关的滞纳金处罚，甚至影响个人信用记录。
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工资有缺勤时申报个税，存在以下特殊情况或例外情形：
1. 单位破产或清算导致缺勤工资延迟发放：若单位因破产无法及时发放缺勤工资，待通过法律程序追回工资后，需在实际取得时申报个税，此时需提供法院判决书或清算文件作为申报依据，否则可能因缺乏凭证导致申报困难。
2. 缺勤工资通过劳动仲裁或诉讼追回：若员工因缺勤工资纠纷通过仲裁或诉讼获得工资，需以仲裁裁决书或法院判决书确认的金额作为申报基数，申报时需向税务机关提供相关法律文书，确保申报金额的合法性。
3. 因不可抗力导致缺勤工资未按时发放：如疫情等不可抗力导致单位无法发放缺勤工资，员工可向税务机关申请延期申报，经批准后可在不可抗力消除后再申报，避免产生滞纳金。
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工资有缺勤时申报个税，需避免以下常见错误操作：
1. 按应发工资申报而非实发工资：部分人误以为应按未扣除缺勤的应发工资申报，但实际应按扣除缺勤后的实发工资申报，错误申报会导致多缴或少缴个税。
2. 未实际取得工资时提前申报：若单位因缺勤暂未发放工资，提前申报会导致无收入却产生纳税记录，可能引发税务异常。
3. 忽视年度汇算调整：缺勤工资若在年度内未正确申报，未在汇算清缴时调整，可能影响个税退补税的准确性，甚至产生税务风险。
若您曾出现上述错误操作，或担心申报合规性，建议进一步向律师咨询，及时纠正问题。

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